İstanbul İl Jandarma Komutanlığı, 1839-1922 yılında kurulan Zaptiye Müşirliği bünyesinde İstanbul Muhafızlığı Dairesi (Bekir Ağa Bölüğü)'nin bulunduğu binada hizmet vermeye başlamıştır. 1922-1980 yılları arasında İstanbul Valiliği Cağaloğlu binasında, 1980-1985 yılları arasında Balmumcu Saniye Sultan Köşkünde, 01 Mayıs 1985'te Ayazağa Jandarma Komando Tabur Komutanlğı'ndan boşalan binaya yerleşmiş ve halen mevcut binada hizmet vermektedir. Eylül 2016 tarihinden itibaren lağıv edilen İstanbul Jandarma Bölge Komutanlığı Balmumcu Kışlasında hizmet vermektedir.